Флаг городского округа «Город Лобня» был утверждён 12 июля 2001 года Решением Совета депутатов города Лобни № 85/11, описание флага гласило:«Флаг города Лобня представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с двухсторонним изображением.
Основная часть (4/5) — красная как традиционно сложившийся цвет героизма российского народа.
Другая часть флага (1/5) — синяя (светлый ультрамарин) символизирует о бескрайних просторах воздушного и водного пространства России.
В верхней части флага — парящая чайка белого цвета как символ уникального озера Киово.
Внизу на красном фоне белая стилизованная волнистая линия.»
9 октября 2003 года, Решением Совета депутатов города Лобни № 41/481, было утверждено новое Положение о флаге города Лобня:
«Флаг города Лобни представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по вертикали на две неравные полосы: вдоль древка — синюю в 1/4 длины полотнища и красную в 3/4 длины полотнища, воспроизводящее белые фигуры из гербовой композиции: в крыже на пересечении полос — чайку и вдоль нижнего края красной части полотнища — отвлечённую чешуйчато изогнутую нить.»
Ныне действующий флаг утверждён 24 августа 2017 года и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного номера 11606.
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: голубого (у древка) и красного цветов, в центре которого – летящая наискось вниз к древку чайка с распростёртыми в стороны крыльями, ниже которой – нитевидная чешуевидная не доходящая до краев полотнища полоса белого цвета.»