Флаг Министерства транспорта Российской Федерации представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета. В крыже расположено изображение Государственного флага Российской Федерации. В правой нижней части полотнища — цветное изображение эмблемы Министерства транспорта Российской Федерации.
Ширина полотнища составляет 2/3 его длины. Длина и ширина изображения Государственного флага Российской Федерации составляют соответственно 1/2 длины и ширины полотнища.
Высота изображения эмблемы Министерства транспорта Российской Федерации составляет 3/5 ширины полотнища, ширина составляет 1/3 длины полотнища. Изображение эмблемы Министерства транспорта Российской Федерации расположено на расстоянии 1/20 ширины полотнища от нижнего и правого краёв полотнища.