Флаг Хайбуллинского района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней голубого цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней жёлтого цвета; в центре голубой полосы летящий к древку орёл белого цвета с расправленными в стороны крыльями.Данное описание флага было утверждено Геральдическим советом при Президенте Российской Федерации, но решением Совета муниципального района Хайбуллинский район Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года № Р-12/119 «О флаге муниципального района Хайбуллинский район Республики Башкортостан» было утверждено следующее описание флага:
«Прямоугольное полотнище лазоревого (голубого) цвета с соотношением ширины к длине 2/3 с жёлтой (медной) полосой вдоль нижнего края в 1/5 части ширины полотнища, с изображением в центре основной фигуры герба: парящего белого (седого) степного орла».