Флаг «12-е Главное управление Министерства обороны России  рота разведки» – вариант ведомственного флага Минобороны РФ для подразделений, ответственных за ядерно-техническое обеспечение представляет собой прямоугольное полотнище с изображением четырехконечного креста белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделёнными между концами креста оранжево-черно-оранжевыми лучами. В центре полотнища - эмблема Главного управления Министерства обороны России (золотой двуглавый орел с распростертыми крыльями, держащий в лапах три серебряные пересекающиеся стилизованные электронные орбиты с электронами; на груди орла - красный, треугольный, вытянутый книзу щит со штоком, восходящим к короне; в поле щита - всадник, поражающий копьем дракона). Снизу на флаге размещена надпись: «12 ГУМО». Сверху надпись «Рота разведки»